“十三五”期间，学校以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，秉持“以学生为本，以学术为魂”的办学理念，坚持高水平、国际化、特色鲜明的应用研究型大学办学定位，扎根中国大地办大学；学校形成了以应用经济学为中心的经济学、管理学、文学、法学、理学、工学多学科协同发展布局。
学科结构建设日渐合理，学科水平显著提升
“十三五”期间，学校始终坚持将学科专业建设放在学校事业发展的龙头地位，确立了以学科专业建设为主线的指导思想，学科建设取得长足发展。学校新增理论经济学、统计学、马克思主义理论等三个一级学科硕士点，目前学校拥有七个一级学科硕士点，二级学科硕士点从35个增至45个，覆盖了学校经、管、文、法、理五大学科，学位点数量和研究生教育规模实现跨越式增长，形成了多学科协同发展的开放型经济学科群，对学校学科建设构成了重要的支撑，为学校申请博士点建设单位和多学科定位奠定了良好的基础。
“十三五”期间，学校依托应用经济学、工商管理两个高原学科建设，推动校内“一流学科”建设工程，落实一流学科建设三年行动计划及实施方案，以学科为单元，以一流为目标、以绩效为杠杆、以改革为动力加强制度建设，学校的学科竞争力得到明显提升。2016年，在教育部第四轮学科水平评估中，学校应用经济学、工商管理、外国语言文学、法学等四个一级学科相比2012年第三轮学科评估结果相对排名均有提升。目前，学校以第五轮学科评估迎评工作为契机，以人才培养、师资队伍、科研成果“三位一体”为抓手，努力在第五轮学科评估中取得更大突破。
学校构建开放型经济学科群
科学研究推进精品战略，成果数量和质量稳步提升
“十三五”期间，为适应学校定位转型发展和申请博士点建设单位的需要，学校积极推进哲学社会科学研究创新，以聚焦国家战略，服务区域发展为宗旨，对接国家和区域经济社会发展中的重大项目，充分发挥学校在国家和区域创新体系建设中的作用。形成了一批研究成果集中，具有一定社会影响的特色研究区域，提高了为经济社会发展服务的智力支持能力，科研水平也显著提升。
“十三五”期间，学校科研成果较“十二五”期间增长明显，截至目前，学校共获得国家级课题119项，较“十二五”期间增长了67.6%；省部级科研项目290项，较“十二五”期间增长了33.03%。2016-2020年，学校国内权威期刊论文发表582项，较“十二五”期间增长了90.82%；2016-2020年，学校国际期刊论文发表（SSCI、SCI、A&HCI、EI、ISTP）234项，较“十二五”期间增长了41.82%。2016-2020年，学校共获得省部级以上科研奖励15项，同“十二五”期间数量持平，其中张翼飞教授和齐佳音教授分别获得第八届高等学校科学研究优秀成果奖二等奖和三等奖，是学校首次在国家级科研奖项上获得突破。
“十三五”期间，由孙海鸣教授主持的国家社科基金重大项目“全球大宗商品定价机制演进与国际经贸格局变迁研究”（15ZDA058）和齐佳音教授主持的国家社科基金重大项目“面向国家公共安全的互联网信息行为及治理研究”（16ZDA055）以“免于评审”的方式圆满结题，这两个重大项目在学校具有里程牌式的意义。2019年，张磊教授“美国长臂管辖中的贸易合规官制度及我国应对机制”的国家社科重点项目获批立项。2020年，王朝科教授“习近平新时代中国特色社会主义经济思想的体系化研究”的国家社科重点项目获批立项。此外，通过人才引进，学校还转入国家社科重大项目5项，有力的支持了博士点建设。
学校承担7项国家级重大科研项目
大力加强平台建设，智库建设成效显著
“十三五”期间，学校进一步聚焦世界贸易组织结构性改革等方向开展深入研究，在主动对接服务国家战略和上海“五个中心”“四大品牌”建设以及推进落实总书记交付给上海三项新的重大任务中，着力提升学校科研服务能级和战略承载力。加强新型智库建设，进一步优化党管智库体制机制，产出高质量智库成果。持续推进上海自贸区、自由贸易港协同创新工作；推进教育部国别研究项目，拓展经贸研究领域；进一步深化与海关总署、松江区政府战略合作，推进全球贸易监测分析中心、长三角G60科创走廊全球贸易监测分析中心建设；加强与上海市商务委战略合作，共同推进贸易中心建设、进博会论坛及溢出带动效应等专题研究；拓展与中国建设银行的战略合作，加强在企业高管培训、人才培养、实习实训基地建设等方面合作。
学校与海关总署共建全球贸易监测分析中心
学校与上海市商务委员会签署战略合作框架协议
“十三五”期间，学校成为国家发改委“一带一路”建设协同高校，新增数据科学与管理决策重点实验室（上海高校人文社会科学重要研究基地）和中东欧研究中心（上海高校智库）等2个省部级重点研究基地，新增5个教育部备案的国别研究中心。2019年，WTO亚太培训中心首次落户上海对外经贸大学，学校成为世界贸易组织亚太区域贸易政策新一期（2020-2022年）唯一合作伙伴，表明中国高校成功跻身世贸组织规则培训基地行列。
学校与上海市商务委员会签署战略合作框架协议
学校决策咨询服务能力持续提升，打造成为国家和地方重要的战略咨询智库，决策咨询成果数量在上海市属高校中始终处于领先地位。2019年上海高校智库国际经贸治理与中国改革开放联合研究中心入选CTTI高校智库百强榜单，成为全国“A区高校智库”。学校在全球经贸治理与多边贸易体系改革、国际发展合作等领域的决策咨询成果突出，获党和国家主要领导人批示且有关部门采纳专报数量居上海高校前茅，受到国家和地方政府的高度重视。
“十四五”期间，学校将以加强思想政治工作和建设一流学科为重点，以国际贸易、国际投资、国际金融、国际合作、国际治理为主线，形成开放型经济理论和政策研究领域最具影响力的国内一流学科群，使学科建设整体水平得到显著提升，所属学科与对标高校学科水平的差距进一步缩小，为建设一流学科和一流大学奠定坚实基础。